La Biblioteca José Lorenzo Cossío y Cosío se compone de cuatro colecciones: bibliográfica, documental, fotográfica y de objetos.El acervo bibliográfico está conformado por libros antiguos, históricos y modernos, publicaciones periódicas, folletos y material gráfico, en total son 18120 volúmenes. La biblioteca está clasificada por temas, por ejemplo: arqueología, antropología, arte, códices, derecho, historia, imprenta, lingüística, numismática, obras generales y religión entre otros. Cabe señalar que los libros sobre filatelia fueron donados por el Lic. Manuel Onofre Cossío Gabucio (hijo de Jose Lorenzo Cossío) a la biblioteca del museo de filatelia de Oaxaca, perteneciente a la Fundación Alfredo Harp Helú Oaxaca.El archivo esta conformado por la documentación personal de la familia Cossío y por un pequeño grupo de documentos antiguos del siglo XVI al XIX, correspondientes a las secciones civil y religiosa con sus respectivas series documentales. La documentación está guarada en 41 cajas AG 12 y 8 cajas tipo almeja de polipropileno. Entre estos documentos tenemos una hidalguía, ventas de tierras y casas, poderes, procesos legales y contenciosos, comercio, cuentas y gastos. Además hay 66 volúmenes de documentos contemporáneos empastados.El acervo fotográfico no se ha trabajado, algunas fotos están guardadas por tamaños en sobres provisionales de papel cultural y otras en cajas, todo dentro de 11 cajas tipo almeja de polipropileno y 1 caja AG 12 de polipropileno.La colección de objetos se encuentra distribuida en 32 vitrinas de 57 cm. de largo por 21 cm. de ancho aproximadamente, de las cuales 16 contienen piezas prehispánicas que están registradas ante el Instituto Nacional de Antropología e Historia por parte del Departamento de Registro Arqueológico. En el resto de las vitrinas hay monedas, medallas, réplicas de objetos griegos y pistolas entre otros.