Dentro del recinto se encuentra el Archivo Histórico "José María Basagoiti Noriega", a cargo de la doctora Ana Rita Valero de García Lascuraín. En este acervo abarca tres siglos de la educación femenina primero en la Nueva España y después en el México independiente en un rango de fechas de 1538 a 1928, documentos que se pueden observar en los fondos: Colegio de Niñas de Nuestra Señora de la Caridad, Recogimiento Colegio de Niñas de San Miguel de Belén, Real Colegio de San Ignacio de Loyola, Escuelas Rico, Archicofradía del Santísimo Sacramento y Caridad, Cofradía de Nuestra Señora de Aránzazu, Congregación del Divino Salvador del Mundo y Buena Muerte. El archivo recibió el Registro Internacional como Memoria del Mundo que otorga la Organización de las Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura en 201315​. El Colegio también alberga una biblioteca con fondo antiguo que comprende 503 registros, títulos provenientes de las colecciones del Convento de San José de Gracia así como del mismo Colegio de San Ignacio de Loyola, Vizcaínas. El tema principal del acervo es la educación femenina en la Nueva España.